舰队混编的核心在于平衡指挥值分配、舰船定位与战术需求。一支舰队最多拥有300指挥值的舰船，升级到九级基地并解锁相关建筑后可提升至400指挥值。舰船位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排，因此需根据蓝图中的舰船定位合理配置防御与输出单位。混编时需舰船站位无法手动调整，完全取决于蓝图设计，因此选择舰船时应优先考虑其默认站位是否符合战术需求。
若以正面接战为主，应优先配置高防御的前排舰船（如奇美拉级巡洋舰）搭配中后排高输出单位（如卡利斯托级）。针对敌方舰载机较多的场景，需混编防空型舰船（如光锥级）以填补防御缺口。若执行高速机动任务，则需选择移动速度快的舰船（如FG300护卫舰）组成轻量化编队，避免因低速单位拖累整体行动效率。战巡和航母因指挥值消耗过高，通常建议通过增援功能加入舰队，但需注意增援会强制将曲速航行转为普通航行。
舰船武器的战斗序列直接影响混编策略。每艘舰船的主武器会按预设序列选择攻击目标，例如优先攻击前排或特定舰种。混编时应根据敌方舰队构成调整己方配置，若敌方以驱逐舰为主力，可编入红宝石级等克制单位。载机舰船（如AC721载机型）需搭配强力的护航艇或战机，否则其战斗力会大幅下降。维修型舰船（如苔原级）虽非必需，但在持久战中能显著降低战损，混编时可根据后勤需求灵活调整数量。
为舰队命名时可采用迷惑性策略，例如将主力舰队标记为炮灰舰队以干扰对手判断。编队完成后需详细检查火力、移动速度、仓储容量等属性，确保符合任务要求。战斗中可通过增援指令临时加入5艘舰船（无视指挥值限制），但需提前规划增援时机，避免因航速差异导致战术脱节。封锁任务和矿区争夺等特殊场景需单独配置舰队，混编方案不可一概而论。
混编舰队的最终目标是实现资源与战斗力的最优配比。通过分析战报中的伤害分布、维修数据与HP变化曲线，可不断优化编组方案。舰载机与无人机的配置需随版本更新调整，例如能量武器对护盾的特攻效果或区域防空无人机的覆盖率。持续关注舰船强度榜与蓝图改动，才能确保混编舰队在动态战局中保持竞争力。
